- saprophyte : organisme capable de coloniser des tissus sains après avoir utilisé une base nutritive constituée par des éléments morts ou des substances nutritives libres.

- sclérote, pseudosclérote : chez certains champignons, les sclérotes sont des organes de conservation de forme et de taille variables, constitués par un cortex externe et une medulla interne. Les pseudosclérotes et parfois les microsclérotes (sclérotes de petites tailles) n'ont pas la structure classique des sclérotes mais sont constitués de cellules agglomérées.

- Sclerotiniaceae (sclérotiniacées) : famille des champignons appartenant aux Leotiomycetes (Ascomycota) qui se propagent par sclérotes ou stroma. Ce sont tous des parasites nécrotrophes causant des dégâts importants aux tissus parenchymateux d'un grand nombre de cultures.

- sénescence : stade de ralentissement (irréversible) de l'activité physiologique de l'hôte.

- sensibilité, sensible : caractéristique génétique de l'hôte qui, à des degrés divers, le rend susceptible d'être attaqué par un agent pathogène. Caractéristique génétique d'un agent pathogène qui entraîne son inhibition par une matière active donnée.

- souche : sous-ensemble d'une population parasitaire appartenant à la même espèce et présentant une homogénéité génétique en particulier en ce qui concerne leur pouvoir pathogène. Cette notion peut sensiblement différer suivant que la population parasitaire appartient aux champignons, bactéries ou virus.

- spermogonie : fructification des rouilles dans laquelle sont formées les gamètes.

- spore, sporulation, sporuler, sporange : la spore (sexuée ou asexuée) est le plus petit élément pouvant assurer la perpétuation (conservation ou propagation) d'un champignon. Chez certains microorganismes pathogènes (oomycètes, zygomycètes), les spores sont contenues dans un sac (= sporange). Ce sporange joue souvent le rôle de conidie dans la dissémination de l'agent pathogène. La sporulation est un terme plutôt réservé à la production des spores végétatives (conidies).

- stade phénologique : période repère individualisée dans la croissance ou le développement d'une plante pendant laquelle peuvent intervenir des pathologies spécifiques.

- stress hydrique : déficience de l'alimentation en eau qui entraîne une prédisposition pour l'hôte à une attaque par un agent pathogène, en particulier par un parasite de faiblesse.

- stroma, stromatique : agglomération d'hyphes mycéliennes.

- système vasculaire : voir à vaisseaux conducteurs.

- systémique : se dit d'un agent pathogène ou d'un produit chimique qui sont véhiculés dans tous les organes de la plante par la sève.