- eau libre : eau non liée chimiquement dans le sol ou à la surface d'un organe d'une plante. Cette eau peut permettre à des éléments de champignons pathogènes de germer et d'infecter des plantes (eau de rosée, de pluie, d'arrosage...).

- eaux de ruissellement : écoulement des eaux sur les pentes. Lorsqu'elles transportent de l'inoculum, elles déterminent souvent des foyers de plantes attaquées en lignes parallèlles à la ligne de plus grande pente de la parcelle.

- échaudage : état de toute plante présentant une précocité anormale et un rendement faible dus à l'activité d'un agent pathogène.

- écidie, écidien, hôte écidien, écidiospore : fructification d'un stade (écidien) des rouilles produisant des écidiospores. Certaines rouilles ont besoin d'une plante-hôte intermédiaire pour développer leur stade écidien (hôte écidien).

- éclaboussure : mode particulier de dissémination de l'inoculum, sous l'effet de la pluie ou d'arrosage aérien de plante malade à plante saine, ou d'étage foliaire malade à étage sain.

- ELISA, test ELISA (= Enzyme Linked ImmunoSorban Assay) : test sérologique utilisé pour le diagnostic et le dosage des virus. - enkysté : éléments, tumeurs, corps étrangers à la plante transformés en kyste, c'est-à-dire entouré d'une enveloppe épaisse dure et résistante qui permet de braver les intempéries, le plus souvent dans les débris végétaux, pendant la phase hivernale.

- enzyme : protéine intervenant en catalyseur dans les réactions biochimiques.

- épidémie, épidémique : extension d'une maladie à un grand nombre d'individus de la population-hôte. La plupart des épidémies nécessitent plusieurs cycles de reproduction de l'agent pathogène. Cependant un seul cycle de reproduction de l'agent pathogène dans l'année peut également induire une épidémie qui résulte alors de la grande quantité d'inoculum libérée et de sa dissémination efficace.

- épiderme : tissu le plus externe comportant une seule couche cellulaire et qui revêt les organes végétaux sauf les racines.

- épiphyte : se dit d'un agent pathogène ou d'un ensemble d'agents pathogènes (= flore) qui vit en surface d'une plante-hôte sans la pénétrer.