Généralités sur les champignons
et microorganismes assimilés

Les champignons sont des organismes eucaryotes généralement plus complexes que les bactéries, de petites dimensions, parfois visibles à l’œil nu mais plus souvent au microscope. Certains ne se développent que sur des hôtes vivants (biotrophes) ; d'autres, après avoir colonisé les cellules végétales, les tuent rapidement (nécrotrophes) ; enfin, les saprophytes vivent aux dépens des végétaux sénescents et morts. Plusieurs milliers d'espèces affectent les plantes et semblent responsables de plus de 50 % des maladies connues chez les végétaux. Ils sont donc très fréquents et probablement les plus dommageables.

• Fréquence sur légumes : +++
• Symptômes ou types de maladies : nanisme, fontes de semis (plantes) ; jaunissement et flétrissement parfois unalétraux (feuilles), taches diverses (feuilles et sur fruits), pustules, lésions nécrotiques et/ou chancreuses sur divers organes, pourritures variées sur feuilles, tiges, collet et fruits, etc.

Myxomycètes : hernies, gales ; Oomycètes : fontes de semis, pourritures racinaires et au collet, mildious, rouilles blanches ; Zygomycètes : pourritures molles ; Ascomycètes : taches foliaires (oïdiums, alternarioses, anthracnoses, septorioses, Cercosporioses, etc.), pourritures sur divers organes (aériens : Botrytis spp., Sclerotinia spp., Penicillium spp., Aspergillus spp., etc. ; racinaires : Pyrenochaeta spp., Thielaviopsis basicola, etc.), brunissements vasculaires et ou pourritures racinaires et du collet (Fusarium spp., Verticillium spp.) ;  Basidiomycètes : rouilles, charbons, pourritures racinaires, du collet et des fruits à Rhizoctonia solani et Sclerotium rolfsii, etc.

• Signes : très nombreux dans et sur les organes altérés (mycélium, sclérotes, acervules, pycnides, périthèces, sporodochies, moisissures diverses, etc.)
• Difficulté de diagnostic : - à ++

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  Forme végétative : mycélium formé de filaments (hyphes) libres ou entrelacés cloisonnés ou non. Certains microorganismes aquatiques en sont dépourvus (Olpidium spp., Plasmodiophora spp.), formant des structures amiboïdes ou plasmodiques, des sporanges, ainsi que des zoospores uni ou biflagellées.
• Formes de conservation : chlamydospores, sclérotes, oospores.
• Fixation aux plantes : appressorium qui sert aussi à pénétrer celle-ci.
• Pénétration dans les plantes : à travers la cuticule et la paroi des cellules végétales ; par des ouvertures naturelles (stomates) ; par les blessures ou les tissus sénescents (les vieilles feuilles, les fleurs fanées, les plaies de taille, les cassures de poils épidermiques, les sites d’émission de racines adventives, des dégâts de nématodes…)
• Parasitisme : spécificité certaine vis-à-vis des tissus (jeunes ou sénescents) et des organes attaqués : champignons telluriques (racines, collet), vasculaires (vaisseaux), aériens (feuilles, tiges, fruits, fleurs). Une fois dans leur hôte, Ils développent différents processus parasitaires leur permettant de s’y installer et de l’envahir ; cela correspond à la phase d’infection.
• Sporulation : si les conditions climatiques sont favorables, formation des structures spécialisées : sporocystophores, conidiophores, pycnides, acervules, oospores, zygospores, cléistothèces, périthèces, apothécies.
• Dissémination : par le vent, les courants d’air, les poussières de sol, l’eau (lors du ruissellement sur et dans le sol, à la suite de lessivages, de projections ou d’éclaboussures. Ajoutons les ouvriers et leurs outils au cours des opérations culturales, les techniciens durant leurs visites successives chez les producteurs, et différents autres vecteurs : insectes, semences.
• Conditions favorables :
  • Température : pas le facteur le plus important, des températures minimales sont tout de même nécessaires pour qu’ils puissent se développer. Ils réduisent ou cessent leur développement durant l’hiver. Celui-ci est a lieu dans une plage de températures assez large, comprise entre quelques degrés et plus de 30°C.
  • Humidité : c’est le facteur prépondérant (pluie, irrigation, rosée, brouillard…). Elle est indispensable à presque tous les stades de développement des champignons qui apprécient les ambiances humides que cela soit au niveau du couvert végétal ou autour des racines. Il est maintenant bien admis que des sols gorgés d’eau sont aussi très propices aux attaques des champignons telluriques. De plus, les racines des plantes placées dans ces conditions asphyxiantes sont beaucoup plus sensibles. Quelques rares champignons préfèrent des ambiances plus sèches, au moins à certaines périodes de leur cycle.
  • Vent : contribue à la libération et à la dissémination des spores. Mais il peut parfois avoir un effet négatif sur le développement d’une mycose en réduisant l’hygrométrie ambiante.
  • Lumière : influence réduite conduisant à l’étiolement des plantes, ce qui les rend plus sensibles.
  • pH du sol et nutrition des plantes : conditionnent aussi plus ou moins le développement de certains champignons. Leurs effets ne sont pas toujours faciles à mettre en évidence.

Période d’incubation : délai compris entre la pénétration du champignon parasite dans la plante et la manifestation des premiers symptômes de la maladie.

Période de latence : délai compris entre les premières contaminations et la sporulation.