- Les principales maladies :

Peu de maladies affectent cette culture. Celles rencontrées en France sont dues à des champignons comme Thanatephorus cucumeris (anc. Rhizoctonia solani, induisant des nécroses brunes au collet), ou, moins fréquemment grâce aux semences certifiées, Diaporthe phaseolorum var. sojae (Ascomycota Sordariomycetes) reconnaissable aux pycnides noires produites sur la tige au centre de taches décolorées. La sclérotiniose (Sclerotinia sclerotorium, figure 1) peut-être observée dans les régions qui cultivent d'autres protéagineux. Le mildiou (Peronospora manshurica) ne cause pas de dégâts majeurs.


- Les principaux ravageurs européens :

La mouche grise des semis (Delia platura) peut nécessiter une intervention. La pyrale du maïs (Ostrinia nubilalis) peut aussi s'attaquer au soja. Le nématode à kyste (Heterodera glycines) est le principal ravageur surtout aux USA et en Asie.  En France, depuis 2003, la pyrale des haricots, Etiella zinckenella (Treitschke 1832) (Lepidoptera Pyralidae, figure 2) est le ravageur le plus marquant.

Depuis quelques années, le puceron Aphis glycines Matsumura, 1917 (puceron du soja) en provenance d'Asie a envahit les cultures aux USA, Canada et Afrique. C'est un puceron dioécique holocyclique, dont l'hôte primaire est le nerprun (Rhamnus sp.). Ce puceron provoque l'avortement des fleurs et peut transmettre des virus.