Démarche générale au laboratoire

La démarche générale présentée est celle suivie pour identifier la cause des affections d'une plante dans un laboratoire à partir d'échantillons. 

• Lecture de la fiche de demande d'analyse et de la fiche de renseignements pour analyser la demande et avoir des premiers éléments pouvant orienter le diagnostic.
• Observation visuelle des échantillons pour 1) vérifier leur qualité et 2) pour formuler/vérifier les hypothèses du terrain (biotique ou abiotique).
  • Si abiotique : La cause abiotique est souvent envisagée quand toutes les pistes de causes biotiques ont été épuisées.
    • Recherche d’explications dans l’itinéraire cultural et dans l'environnement des plantes (relecture de la fiche de renseignements ou prise de contact avec le technicien et/ou le producteur) - Laboratoire de première intention. 
    • Mise en oeuvre d'analyses de texture du sol, de composition en éléments minéraux et en oligoéléments dans le substrat, de présence de substances phytotoxiques, etc. pour confirmer une cause abiotique - Laboratoires spécialisés.
  • Si biotique :
    • Si nécessaire, préparation des échantillons pour mieux observer le bioagresseur (extraction du sol, incubation, isolement) - Tous les types de laboratoires.
    • Pour l'identification d'un bioagresseur :
      • Observation à la loupe binoculaire ou au microscope des symptômes, signes et/ou bioagresseurs - Laboratoires de première intention et spécialisés.
        • Pour certains bioagresseurs, ce niveau d'observation est suffisant pour les identifier.
        • Si le bioagresseur n'a pas pu être identifié à ce niveau, mise en oeuvre de techniques d'identification plus poussées - Laboratoires spécialisés.
    • Pour confirmer un diagnostic, mise en oeuvre de techniques de détection selon des protocoles adaptés au bioagresseur ciblé - Laboratoire de détection.
    • Si le lien entre l'organisme vivant identifié et les affections observées n'est pas bien connu, dans la mesure du possible, application du postulat de Koch.

Pour la détection d'un bioagresseur sur des plantes ou semences asymptomatiques, la démarche à suivre est expliquée dans des protocoles précis qui dépendent du bioagresseur ciblé et est effectuée par des laboratoires de détection.