Cultures : Identifier, connaître, contrôler
Application des postulats de Koch
Dans le cas d’un micro-organisme peu connu et suspecté d'être le responsable des affections observées, il peut être nécessaire d'appliquer les postulats de Koch. Ceci permet de vérifier que le micro-organisme observé est bien le bioagresseur responsable des affections de la plante.
Postulats de Koch :
Robert Koch énonce en 1887 ces postulats qui permettent d’établir une relation causale entre une maladie et un micro-organisme suspecté d’être pathogène pour les maladies infectieuses de l'homme. Ces postulats ont été transposés aux maladies des végétaux causées par des micro-organismes cultivables in vitro (certaines bactéries et champignons). Les postulats indiquent :
1. L'agent doit être présent chez les plantes malades et absent chez les plantes saines,
2. L'agent doit pouvoir être isolé de plantes malades et multiplié en culture pure
3. Lorsque l'agent pathogène en culture pure est inoculé à une plante saine, il induit des symptômes caractéristiques de maladie
4. L'agent pathogène initial doit pouvoir être ré-isolé à partir des plantes infectées expérimentalement
Dans le cas des maladies causées par des agents pathogènes non ou difficilement cultivables (virus, viroïdes, phytoplasmes et certaines espèces bactériennes et de champignons), la multiplication en culture pure par un isolement est remplacée par sa multiplication dans un hôte approprié avant sa purification et son identification. La mise en application de ces postulats modifiés demeure seulement inapplicable aux agents pathogènes non directement inoculables sans vecteur (virus restreints au phloème, phytoplasmes).
Application :
Pour les agents pathogènes cultivables :
- Identification de champignons :
- Désinfecter (élimination des champignons non pathogènes à la surface des végétaux) les organes contaminés.
- Déposer dans une boîte de Petri les organes désinfectés puis faire incuber (25°C pendant quelques jours) pour que les micro-organismes se développent.
- Prélever individuellement les différentes colonies et repiquer les un à un sur d’autres boites, afin de purifier les cultures.
- Une fois les différentes souches de champignons isolées et purifiées, observer les au microscope optique.
- Inoculer les souches suspectées sur une plante saine (la même que la plante infectée).
- Si les symptômes développés par la plante sont les mêmes que les symptômes que présentait la plante de départ, isoler le champignon une seconde fois et observer de nouveau au microscope optique.
- Si le champignon observé est le même que la souche suspecte de la première observation, il est déclaré responsable de la maladie et de ses symptômes.
- Identification de bactéries cultivables : pour le dépôt dans la boîte de Petri, dilacérer les organes avec symptômes et de réaliser un étalement en 3 secteurs.
Pour les agents pathogènes non-cultivables :
Il va s'agir de récupérer sur les organes de la plante infectée un fragment foliaire présentant au moins une lésion puis de le déposer sur des disques de feuilles préalablement désinfectées en surface (début de la culture). Plusieurs repiquages successifs sont nécessaires pour purifier les colonies. Puis les étapes suivantes sont sensiblement les mêmes que précédemment.