Les altérations touchant le collet ou la portion de la tige proche du sol sont principalement dues à des causes parasitaires.

Parmi celles-ci, on trouvera des bactéries comme Pectobacterium spp. ou Ralstonia solanacearum. Parmi les champignons sont impliqués Botrytis cinerea et Sclerotinia sclerotiorum, Calonectria crotalariae (anc. Cylindrocladium crotalaria) qui provoque des éclatements assez larges au collet des plantes, Macrophomina phaseolina, Rhizoctonia solani (figure 1), Sclerotium rolfsii (figure 2, Athelia rolfsii) et Phytophthora nicotianae. Enfin, des attaques de Haematonectria haematococca (anc. Fusarium solani, "Fusarium collar rot") sont rapportées au Zimbabwe dans les sols sableux. Dans ce pays, des chancres brun clair ont été observés sur le collet de tabacs ; ils sont plus superficiels que ceux occasionnés par Rhizoctonia solani. Notons que des infections mixtes de ces 2 champignons ont lieu de temps à autre, elles sont d'une manière générale beaucoup plus dommageables.

Le nématode Ditylenchus dipsaci provoque aussi des dégâts au collet des plantes, notamment des éclatements. Les tissus corticaux du collet sont plus ou moins boursouflés et altérés. Ils peuvent se décomposer et disparaître, laissant à l'air libre le système vasculaire. De la même manière que pour le "collet liégeux", les tabacs versent facilement à la suite de la rupture de la tige sous le poids des plantes et/ou en présence de vent ("stem break").

Enfin, n'oublions pas de signaler qu'une maladie non parasitaire, le collet liégeux ("corky collar"), peut également être responsable de dégâts notamment localisés au niveau du collet du tabac.