Puces à ADN

Principe : 

Le principe à la base des puces à ADN repose sur de l’hybridation. Quatre étapes sont à distinguer :

• Fabrication de la puce

La puce est constituée d’une surface solide, généralement du verre, recouverte de polylysines, molécules capables de fixer des fragments d’ADN (sondes). Chaque sonde correspond à une séquence d’ADN spécifique d’un gène donné et caractéristique d’une espèce recherchée. Les copies d’une même sonde sont déposées sous forme de « spot » via des interactions électrostatiques à des emplacements précis sur la puce. Les sondes sont ensuite dénaturées afin que leurs fragments d’ADN se retrouvent sous forme simple brin et soient par la suite en mesure de capter un brin complémentaire (cible) présent dans l’échantillon à analyser. Les molécules de polylysines en périphérie des spots, n’ayant pas reçu de sondes lors de cette étape de fabrication, sont bloquées lors de l’analyse de l’échantillon afin qu’elles ne captent pas de cible et qu’elles ne faussent pas la lecture du résultat.

• Préparation de la cible 

Les ARN extraits de l’échantillon à analyser sont transformés en ADNc par transcription inverse. L’ADNc ainsi formé est marqué par un fluorochrome en vue de sa révélation une fois fixé à une sonde de la puce. 

• Hybridation 

Les ADNc marqués sont placés sur la puce qui est mise à incuber à 60°C pendant une nuit. Dans ces conditions, les brins d’ADNc simple brin constituant les cibles et marqués au fluorochrome sont en mesure de s’apparier avec leurs sondes complémentaires présentes sur la puce et de former de l’ADN double brin.

• Lecture

Les spots sont passés sous un laser et la fluorescence émise est visualisée via un photo-multiplicateur (PMT) couplé à un microscope confocal. Cet appareil fournit une image dont le niveau de gris représente l’intensité de la fluorescence lue. En fonction du ou des spots présentant une fluorescence, il est possible de déterminer quels sont les micro-organismes présents.

Les informations présentées sont issues des fiches rédigées par des élèves ingénieurs de la spécialisation protection des cultures de l'ENSAIA dans le cadre des actions de l'axe 2 du RMT VEGDIAG.