La propagation du champignon se fait sous sa forme asexuée (Monilia) grâce aux conidies dont la viabilité, suivant l'époque à laquelle elles sont produites, peut être importante. Celles formées au cours de l'automne peuvent germer pendant trois mois ce qui permet d'aller jusqu'au printemps. Par contre une conidie produite sur un fruit pourri pendant l'été aura une durée de vie plus faible. Ces conidies résistent aussi très bien au froid.

La conservation du champignon se fait par les conidies et le mycélium inclus dans les rameaux attaqués ou sur les fruits pourris ou desséchés (momies, figure). Le mycélium de M. laxa persiste de juin à mai et celui de M. fructigena de septembre à mai. La forme Monilinia (reproduction sexuée) est rare et se caractérise par l'apparition des apothécies au début du printemps sur les fruits pourris au sol et ceux momifiés sur l'arbre.

Les conidies qui se développent sur les coussinets conidifères des organes attaqués et sur les fruits momifiés passent l'hiver sur le sol. La sporulation de ces champignons à lieu même à basse température (10° C). Ces conidies germent au printemps, en émettant un hyphe (ramifié chez M. laxa) ou en produisant sur un des renflements unilatéraux, des petites spores (microconidies) unicellulaires sphériques de 3 µm de diamètre en chaînettes ou isolées. La dissémination du champignon se fait par l'action du vent qui va emporter les conidies à partir des fruits pourris ou des momies, mais elle peut aussi s'effectuer au moment de la floraison, par la pluie dont les gouttes vont se charger en conidies en ruisselant des organes atteints aux organes sains. 

Après contamination de la fleur par le champignon au printemps (M. laxa), celle-ci est détruite dans sa partie centrale car la conidie émet un hyphe germinatif qui se développe dans le style et atteint l'ovaire, alors que les pétales et sépales restent intacts. Le centre de la fleur est petit à petit remplacé par un amas mycélien et des coussinets se développent sur les sépales, les pétales et sur les étamines. Une fois que ces dernières sont desséchées, le mycélium se propage du pédoncule à l'écorce d'où il peut atteindre le système vasculaire. Le mycélium y est très vivace et au cours du mois de mai suivant, il donnera des coussinets conidifères.

Si le temps est pluvieux, les fruits tombent et se décomposent, le mycélium s'y développe et forme un stroma blanchâtre (coussinet) qui fixe les particules terreuses et les feuilles mortes. C'est sur ces stromas que peuvent se former les apothécies au printemps. Si le temps au contraire est sec, les fruits se dessèchent, le mycélium y forme des amas lâches et hétérogènes qui durcissent la chair et les fruits deviennent des « momies ». 

L'humidité est favorable au développement de M. laxa et M. fructigena, les étés chauds et humides sont très favorables à la maladie, permettant une dissémination plus rapide. La porte d'entrée de ces champignons considérés comme des parasites de blessure des tissus superficiels comme les morsures d'insectes sur les fruits, les galeries des larves ou à la suite de l'attaque par d'autres champignons (par exemple : les tavelures du pommier et du poirier). D'autre part, une première infection par M. laxa peut engendrer plus tardivement le développement de M. fructigena sur le même arbre. 

Au cours du printemps, les gelées tardives, la grêle, le brouillard persistant, les orages et les vents violents sont favorables à la germination des conidies et au développement des champignons en blessant les fleurs et les fruits.