Une quinzaine d'agents pathogènes sont maintenant contrôlables par des résistances génétiques chez la tomate. L'efficacité de ces résistances est très variable, que ce soit pour leur niveau d'expression ou leur stabilité dans le temps face à l'évolution de la virulence des agents pathogènes.

Les variétés sélectionnées pour leur résistance aux bioagresseurs sont surtout destinées aux cultures abritées, plus fréquemment et sévèrement parasitées. Leur potentiel de production étant très important, le prix élevé des semences résultant de coûteux programmes de sélection est facilement accepté.

Certaines résistances mises en évidence depuis longtemps ne sont présentes que dans de rares variétés. Dans le cas de Pyrenochaeta lycopersici, la raison est complexe ; cette résistance est partielle et d'hérédité monogénique récessive, et le géne « pyl » qui la contrôle doit être présent dans les deux parents des hybrides F1. De plus, la pratique du greffage sur porte-greffes multirésistants possédant notamment un haut niveau de résistance à P. lycopersici diminue l'intérêt de la sélection d'hybrides F1 résistants à ce champignon tellurique.

La résistance partielle à Phytophthora infestans, difficile à mettre en évidence par des tests précoces de sélection, n'a intéressé que peu de sélectionneurs. De plus, elle concerne une maladie aérienne pour laquelle de nombreux fongicides efficaces sont disponibles sur le marché.

Les autres résistances, d'utilisation limitée, intéressent surtout les zones de production particulières (par exemple tropicales humides pour Ralstonia solanacearum) ou font l'objet de programmes relativement récents.

La disponibilité de résistances monogéniques dominantes permet de cumuler dans les hybrides F1 un nombre croissant de résistances : les hybrides destinés aux cultures abritées offrent généralement 4 à 5 résistances, certains en cumulent jusqu'à 7. Pour les cultures de plein champ, les variétés fixées possèdent 2 à 4 résistances. De plus en plus d'hybrides F1 de ces différents types de production disposent de ces résistances et contribuent à la protection durable de la tomate.

Les porte-greffes disponibles ne sont pas très nombreux et peuvent être séparés en 2 groupes  :
- les hybrides F1 dans le type tomate cultivée avec plusieurs résistances aux maladies telluriques dont une résistance partielle à Pyrenochaeta lycopersici ;
- les hybrides F1 interspécifiques entre la tomate cultivée et Lycopersicon hirsutum. Ces hybrides ont un système racinaire puissant supportant des températures plus basses que la tomate cultivée. Lycopersicon hirsutum, originaire des hauteurs andines, offre aussi un haut niveau de résistance dominante à Pyrenochaeta lycopersici.