Déballage et observation des échantillons

Dans un premier temps, les échantillons sont déballés soigneusement. Un état des lieux est réalisé afin de constater si le matériel végétal est en bon état. En effet, les conditions de transport, sa durée, un mauvais conditionnement peuvent être à l’origine d’une dégradation plus ou moins importante de ce matériel qui n’est ainsi plus exploitable. Les légumes bien emballés se conserve bien durant le transport, certains organes organes se conservant mieux que d'autres. Les feuilles, les fruits sont plutôt fragiles, alors attention ! Les tiges, les systèmes racinaires se comportent mieux au transport. La nature des échantillons est aussi contrôlée, en particulier la représentativité des organes végétaux fournis. Il est courant de ne pas en disposer de suffisamment pour réaliser un diagnostic.

Ensuite, une lecture rapide de la fiche de renseignements permet de disposer des principales informations caractérisant peu ou prou les contextes de production et pathologiques. Rappelons ici l’importance de bien remplir cette fiche car elle a pour objectif principal de procurer au diagnosticien de laboratoire une certaine « lisibilité agronomique » du cas pathologique, ceci loin du terrain.

Maintenant, les échantillons peuvent être observés en utilisant une procédure comparable, mais quelque peu simplifiée, à celle proposée sur le terrain. Des symptômes et des signes sont progressivement rechercher sur les organes aériens (les plus visibles), puis sur ceux moins accessibles, notamment les racines, le collet, voire le système vasculaire. La présence de signes peut être confirmée à l’aide d’une loupe binoculaire* dans un premier temps. Un bilan des observations effectuées, ceci en adéquation avec les informations fournies par la fiche de renseignements, est réalisé. Deux cas de figure, voire trois, se présentent généralement au diagnosticien :

• préciser une cause abiotique ;
• confirmer et identifier un microorganisme pathogène ;
• réaliser l’étiologie d’une maladie supposée nouvelle en mettant en œuvre les postulats de Koch.

* La loupe binoculaire est un outil précieux au laboratoire, bien utilisée elle permet de confirmer la présence de signes sur et dans les tissus, de préciser leur nature, voire de déjà apprécier le mode de formation des spores sur des organes fructifères dont on pourra notamment connaître l’architecture.