Etiologie d'une maladie nouvelle

Lorsqu’aucune réponse n’est apportée à une problématique phytosanitaire sévissant sur une culture, à la fois par les phytiatres, mais également par les laboratoires généralistes ou experts, L’étiologie de cette problématique s’impose*. Cette discipline, mal connue et assimilée parfois au diagnostic, consiste donc à étudier la ou les causes d’une maladie apparemment nouvelle et qui n’a pas pu être diagnostiquée à partir des connaissances et des moyens « conventionnels ». Les spécialistes de ce type d’études sont qualifiés d’étiologistes ; ils mettent en œuvre une procédure plus ou moins complexe en fonction de la nature du ou des facteurs biotiques et abiotiques en cause (figure 5). Comme dans le cadre d’un diagnostic de terrain, la symptomatologie de la problématique inconnue est réalisée afin de définir précisément l’ensemble des symptômes qui lui sont associés. La présence de signes éventuels est notée. Le contexte de production dans lequel cette problématique se manifeste est également caractérisé.

Si un microorganisme est suspecter rapidement, les 4 postulats de Koch** doivent être appliqués afin de vérifier qu’il est bien responsable des symptômes observés sur les plantes.

• Postulat 1 - Association : Dans un premier temps, il convient de contrôler que l'agent pathogène est assez systématiquement présent et/ou isolé sur tous les organes et les plantes présentant des symptômes.
• Postulat 2 - Isolement : L'agent pathohène suspecté doit pouvoir  être isolé sous la forme de cultures pures afin de permettre son identification, mais aussi de produire un inoculum permettant de l’inoculer à des plantes saines.
• Postulat 3 - Inoculation : L'agent pathogène est inoculé à des plantes saines qui sont placées dans des conditions d’incubation proches de celles évaluées lors des observations de terrain. Les plantes doivent manifester dans un laps de temps variant en fonction du microorganisme suspecté les mêmes symptômes que ceux observés précédemment sur les plantes dans les cultures. Il en sera de même pour les signes si ces derniers ont été également associés à la maladie.
• Postulat 4 - Re-isolement : Enfin, des observations et des isolements seront réalisés à partir du matériel végétal inoculé expérimentalement et rendu malade afin de contrôler que lemicroorganisme est bien présent, et donc le responsable des symptômes, voire des signes.

Parfois, la problématique à interpréter pourra être provoquée par plus d’un agent pathogène, par exemple par l’action de plusieurs bioagresseurs agissant en complexe, ou par l’interaction d’un à plusieurs d’entre-eux avec des facteurs abiotiques à caractériser. Dans cette situation, la réalisation d’une enquête sera indispensable. Son principal objectif sera de recenser l’ensemble des paramètres qui caractérisent la manifestation de la problématique complexe, ceci dans un panel de cultures affectées, et comparativement à un certain nombre de parcelles témoins saines. Un questionnaire sera établi, reprenant en partie les informations collectées dans la « fiche de renseignement », d’autres observations et analyses (pathologiques, agronomiques, etc.) pourront être envisagées en complément.

Soulignons qu’il existe toujours chez diverses plantes quelques pathologies dont on ne connaît actuellement pas la ou les causes, ceci malgré les efforts mis en œuvre par les étiologistes pour les élucider.

* Il n’est pas toujours indispensable de réaliser l’étiologie d’une problématique inconnue ; il faut qu’elle ait une incidence économique certaine pour l’envisager car elle nécessite parfois de mobiliser des moyens conséquents.

 ** Robert Koch énonça en 1887 ces postulats qui permettent d’établir une relation causale entre une maladie et un microorganisme suspecté d’être pathogène. Bien que ces postulats aient été formulés pour des maladies infectieuses de l'homme (anthrax, tuberculose, etc.), ils ont été transposés aux maladies des végétaux causées par des microorganismes cultivables in vitro, ou sur des hôtes vivants et transmissibles.

Les postulats de Koch sont plutôt adaptés aux microorganismes cultivables (bactéries, champignons) ; ils doivent être quelque peu adaptés pour étudier l'implication d'autres microorganismes, parasites obligatoires (certains champignons, phytoplasmes, virus...).