Cultures : Identifier, connaître, contrôler
Divers Oomycètes
(Pythium spp., Phytophthora spp.)
Fonte des semis, pourritures des racines,
du collet et des fruits
du collet et des fruits
- classification : Chromista, Oomycota, Oomycetes, Saprolegniomycetidae, Pythiales, Pythiaceae, Pythium sp.
Chromista, Oomycota, Oomycetes*, Peronosporomycetidae, Peronosporales, Incertae sedis, Phytophthora sp.
- dénomination anglaise : damping-off, foot and root rot, buckeye rot
Des Oomycètes sont présentes dans tous les sols du monde entier et sévissent partout où la tomate est produite. La grande majorité des espèces connues sont polyphages, notamment sur plantes cultivées.
Elles provoquent des dégâts sur tomate tout au long du cycle de production de celle-ci, aussi bien dans les pépinières sur plantules que dans les cultures sur plantes adultes, qu'elles soient en sol comme en hors-sol. Des altérations peuvent être constatées sur les racines, le collet, les feuilles basses et même les fruits. Avec le développement des cultures hors sol, ces micro-organismes aquatiques ont trouvé un terrain de prédilection à leur développement ; ils constituent un facteur limitant de production dans de nombreuses exploitations.
L'utilisation parfois intensive de quelques rares fongicides anti-Oomycètes (surtout le métalaxyl) a conduit à l'apparition de résistance chez plusieurs espèces de Pythium et de Phytophthora dans plusieurs pays.
En France, les cas de fonte de semis à Pythium spp. sont surtout observés dans les pépinières extensives et/ou mal conduites. C'est essentiellement dans les cultures hors sol que les dégâts de ces Chromistes sont parfois spectaculaires. La diversité de ces Oomycètes a été étudiée au début des années 2000 dans les principales zones de production françaises. Plus d'une dizaine d'espèces différentes ont été isolées dans les cultures hors sol de tomate. Les Pythium spp. sont majoritaires, les Phytophthora spp. sous-représentés. Notons également que jusqu'à 4 Oomycètes différentes peuvent être retrouvées sur les racines de tomate et/ou dans la solution nutritive de la même exploitation. L'étude de leur pouvoir pathogène a permis de relever des comportements assez différents :
- certains isolats ne sont pas pathogènes, ou très faiblement (Pythium torulosum, P. vexans, P. sylvaticum, P. dissotocum);
- d'autres révèlent une agressivité moyenne, (P. ultimun, Pythium du groupe F, P. intermedium);
- enfin, plusieurs isolats se sont montrés particulièrement agressifs (P. irregulare, P. salpingophorum, P. myriotylum, P. aphanidermatum).
P. aphanidermatum, espèce omniprésente sur les racines de plants de concombre cultivés en hors-sol, n'est que rarement dommageable sur tomate. Lorsqu'il sévit sur cette espèce, c'est souvent dans des exploitations où le concombre est également produit. Il semble beaucoup plus dommageable en hors-sol, notamment dans certains pays (Canada, Afrique du Sud, Japon).
Parmi les Phytophthora, P. nicotianae est l'espèce la plus présente sur le terrain en France. Elle est responsable d'attaques sur plantules en pépinière et à la plantation dans des cultures en sol mises en place en plein champ et parfois sous abris froids. En culture hors sol, elle ne semble pas pouvoir s'exprimer avec gravité. Son introduction accidentelle dans ce type de culture, par l'intermédiaire de plants contaminés, ne nous a pas permis d'observer de dégâts importants par la suite. Cela ne paraît pas être le cas dans d'autres pays où ses dommages sont rapportés en cultures hors sol, notamment en Allemagne. Ce Phytophthora est plutôt connu dans notre pays pour les dégâts importants qu'il occasionne sur les fruits de cultures de plein champ destinées à la conserverie notamment. Son nom d'espèce est assez controversé, de nombreuses synonymies existant. Il convient de signaler que plusieurs isolats ont été rapportés de par le monde, divergeant par leur agressivité et leur virulence à l'égard de gammes d'hôtes plus ou moins diversifiées. La tomate apparaît plutôt sensible à une forte proportion de ces isolats.
Si l'on s'intéresse à la fréquence des Oomycètes observées dans les cultures hors sol dans notre pays, on note qu'en fait, seuls les isolats de Pythium du groupe F sont largement présents sur le terrain, dans la quasi-majorité des exploitations. Il convient de préciser que l'agressivité sur tomate des isolats étudiés est très variable. Les autres Oomycètes, qu'ils soient des Pythium ou des Phytophthora, ne sont retrouvés que très ponctuellement ou dans un nombre plutôt limité de cultures.
Les nombreuses espèces de Pythium et de Phytophthora pathogènes sur tomate sont traitées dans la même fiche (hormis Phytophtora infestans) pour au moins trois raisons : leurs caractéristiques biologiques et les symptômes quelles provoquent sont assez comparables, leur développement est souvent influencé par les mêmes conditions et les méthodes de protection mises en oeuvre pour les contrôler sont identiques.
* Il existe environ 800 espèces saprophytes ou parasites d'Oomycètes qui ont longtemps été classés dans les Phycomycètes ou « champignons inférieurs » (Eumycètes). Cette classification a été révisée il y a quelques années car l'ultrastructure de ces microorganismes, leur biochimie et leurs séquences moléculaires indiquaient qu'ils appartenaient aux Chromistes, incluant surtout des algues (vertes et brunes), des diatomées. Actuellement, en fonction des sources bibliographiques, ils peuvent être associés soit au règne des Chromista (Index fungorum), soit au règne des Stramenopila (Tree of life).
Elles provoquent des dégâts sur tomate tout au long du cycle de production de celle-ci, aussi bien dans les pépinières sur plantules que dans les cultures sur plantes adultes, qu'elles soient en sol comme en hors-sol. Des altérations peuvent être constatées sur les racines, le collet, les feuilles basses et même les fruits. Avec le développement des cultures hors sol, ces micro-organismes aquatiques ont trouvé un terrain de prédilection à leur développement ; ils constituent un facteur limitant de production dans de nombreuses exploitations.
L'utilisation parfois intensive de quelques rares fongicides anti-Oomycètes (surtout le métalaxyl) a conduit à l'apparition de résistance chez plusieurs espèces de Pythium et de Phytophthora dans plusieurs pays.
En France, les cas de fonte de semis à Pythium spp. sont surtout observés dans les pépinières extensives et/ou mal conduites. C'est essentiellement dans les cultures hors sol que les dégâts de ces Chromistes sont parfois spectaculaires. La diversité de ces Oomycètes a été étudiée au début des années 2000 dans les principales zones de production françaises. Plus d'une dizaine d'espèces différentes ont été isolées dans les cultures hors sol de tomate. Les Pythium spp. sont majoritaires, les Phytophthora spp. sous-représentés. Notons également que jusqu'à 4 Oomycètes différentes peuvent être retrouvées sur les racines de tomate et/ou dans la solution nutritive de la même exploitation. L'étude de leur pouvoir pathogène a permis de relever des comportements assez différents :
- certains isolats ne sont pas pathogènes, ou très faiblement (Pythium torulosum, P. vexans, P. sylvaticum, P. dissotocum);
- d'autres révèlent une agressivité moyenne, (P. ultimun, Pythium du groupe F, P. intermedium);
- enfin, plusieurs isolats se sont montrés particulièrement agressifs (P. irregulare, P. salpingophorum, P. myriotylum, P. aphanidermatum).
P. aphanidermatum, espèce omniprésente sur les racines de plants de concombre cultivés en hors-sol, n'est que rarement dommageable sur tomate. Lorsqu'il sévit sur cette espèce, c'est souvent dans des exploitations où le concombre est également produit. Il semble beaucoup plus dommageable en hors-sol, notamment dans certains pays (Canada, Afrique du Sud, Japon).
Parmi les Phytophthora, P. nicotianae est l'espèce la plus présente sur le terrain en France. Elle est responsable d'attaques sur plantules en pépinière et à la plantation dans des cultures en sol mises en place en plein champ et parfois sous abris froids. En culture hors sol, elle ne semble pas pouvoir s'exprimer avec gravité. Son introduction accidentelle dans ce type de culture, par l'intermédiaire de plants contaminés, ne nous a pas permis d'observer de dégâts importants par la suite. Cela ne paraît pas être le cas dans d'autres pays où ses dommages sont rapportés en cultures hors sol, notamment en Allemagne. Ce Phytophthora est plutôt connu dans notre pays pour les dégâts importants qu'il occasionne sur les fruits de cultures de plein champ destinées à la conserverie notamment. Son nom d'espèce est assez controversé, de nombreuses synonymies existant. Il convient de signaler que plusieurs isolats ont été rapportés de par le monde, divergeant par leur agressivité et leur virulence à l'égard de gammes d'hôtes plus ou moins diversifiées. La tomate apparaît plutôt sensible à une forte proportion de ces isolats.
Si l'on s'intéresse à la fréquence des Oomycètes observées dans les cultures hors sol dans notre pays, on note qu'en fait, seuls les isolats de Pythium du groupe F sont largement présents sur le terrain, dans la quasi-majorité des exploitations. Il convient de préciser que l'agressivité sur tomate des isolats étudiés est très variable. Les autres Oomycètes, qu'ils soient des Pythium ou des Phytophthora, ne sont retrouvés que très ponctuellement ou dans un nombre plutôt limité de cultures.
Les nombreuses espèces de Pythium et de Phytophthora pathogènes sur tomate sont traitées dans la même fiche (hormis Phytophtora infestans) pour au moins trois raisons : leurs caractéristiques biologiques et les symptômes quelles provoquent sont assez comparables, leur développement est souvent influencé par les mêmes conditions et les méthodes de protection mises en oeuvre pour les contrôler sont identiques.
* Il existe environ 800 espèces saprophytes ou parasites d'Oomycètes qui ont longtemps été classés dans les Phycomycètes ou « champignons inférieurs » (Eumycètes). Cette classification a été révisée il y a quelques années car l'ultrastructure de ces microorganismes, leur biochimie et leurs séquences moléculaires indiquaient qu'ils appartenaient aux Chromistes, incluant surtout des algues (vertes et brunes), des diatomées. Actuellement, en fonction des sources bibliographiques, ils peuvent être associés soit au règne des Chromista (Index fungorum), soit au règne des Stramenopila (Tree of life).