Méthodes de protection

- En cours de culture

Aucun fongicide n'est actuellement homologué pour cet usage en France.

Dans le cas des tabacs récoltés en feuilles, les parties des plantes restant au champ, et tout particulièrement les tiges, ne seront pas broyées et enfouies dans le sol. Cette pratique contribue à maintenir le champignon dans la parcelle.
 

- Culture suivante

Il convient aussi d'utiliser des semences indemnes de ce champignon.

Il faut éviter de remettre en place une culture dans une parcelle où la maladie a particulièrement sévi et apporter une fumure équilibrée (en aucun cas excessive en azote, mais suffisamment pourvue en potasse et en phosphate). La densité de plantation peut être légèrement réduite afin de favoriser l'aération des plantes et ainsi diminuer l'humidité relative ambiante sous le couvert végétal. Le contrôle des bourgeons sera parfaitement maîtrisé, ainsi que les activités des nématodes à galles, s'ils sont présents dans la parcelle (consulter la fiche concernant les Nématodes à galles).

Plusieurs sources de résistance à Alternaria alternata ont été décrites : l'une provenant d'un cultivar de tabac à cigare Beinhart 1000-1 qui est conférée par un seul gène. Son emploi pose quelques problèmes, surtout dans le cas des tabacs de type Virginie. En effet, il est associé à un retard de maturité préjudiciable à la qualité des feuilles. Pour y remédier partiellement, les sélectionneurs ont créé des variétés hétérozygotes pour ce gène (stratégie développée au Zimbabwe) ; des résistances quantitatives présentes dans plusieurs cultivars américains. Un nombre important de variétés américaines sont plus ou moins tolérantes à l'alternariose, grâce à l'accumulation progressive de plusieurs facteurs de résistance.