Avant de passer en revue les principaux champignons et les quelques bactéries à l'origine de diverses taches plutôt étendues et évoluant en pourritures sur fruits de tomate, nous décrirons d'abord plusieurs affections non parasitaires qui ont une localisation particulière sur les fruits : zones pédonculaire ou stylaire, face la plus exposée… Les symptômes étudiés témoignent de dégâts dus notamment au rayonnement solaire, au froid et aux stress hydriques. En tout état de cause, il faut garder à l'esprit que certaines de ces maladies abiotiques peuvent faciliter la pénétration de micro-organismes opportunistes puis, le cas échéant, d'envahisseurs secondaires.