Actuellement sont considérés comme des ascomycètes (figure 1) tous les champignons possédant un mycélium haploïde cloisonné produisant des conidies (ou spores asexuées) formées sur des conidiophores plus ou moins développés, libres ou contenus dans une structure (pycnide, acervule, sporodochie) (figure 2). Parmi ces champignons, une partie ne semble pas avoir de phase de reproduction sexuée connue. Pour cette raison, ils étaient classés autrefois parmi les deutéromycètes ou champignons imparfaits (Fungi Imperfecti). Les Ascomycota (sac fungi) produisent des spores sexuées (ascospores) rassemblées par 4 ou 8 dans un asque (figure 3). Ces asques sont réunis ou non dans un ascocarpe (périthèce, cléistothèce, apothécie, figure 4).

figure 1	figure 2	figure 3	figure 4

La phase de reproduction sexuée est appelée téléomorphe ou forme parfaite, alors que la phase conidienne (asexuée) est appelée anamorphe ou forme imparfaite. Souvent les deux formes d'un même champignon ont été décrites indépendamment ce qui a donné deux noms différents. La biologie moléculaire et la description du cycle complet de développement du champignon permettent d'unifier les appellations. C'est le téléomorphe qui normalement donne le nom du champignon. Toutefois le nom courant (current name) peut-être celui de l'anamorphe, par exemple chez Botrytis cinerea, anamorphe de Botryotinia.

Champignons à asques nus

Saccharomycotina
	Saccharomyces, Kloeckera et Candida	Geotrichum
Taphrinomycotina
	Taphrina sp. (cloque du pêcher)

Champignons à asques produits dans une structure pluricellulaire

- Eurotiomycètes	anc. plectomycètes (à périthèces)
	Aspergillus, Penicillium

- Léotiomycètes	champignons à apothécies		les oïdium (à cléistothèces)
	Blumeriella, Diplocarpon, Elytroderma, Gremmeniella, Hypoderma, Lirula, Lophodermium, Monilinia, Ploioderma, Pseudopeziza, Pyrenopeziza, Rhabdocline, Rhytisma et Sclerotinia		Blumeria, Erysiphe, Leveillula, Microsphaera, Oidium, Phyllactinia, Podosphaera et Sphaerotheca

- Dothideomycètes	asques inclus dans un stroma
	Alternaria, Apiosporina, Bipolaris, Botryosphaeria, Cladosporium, Cochliobolus, Davidiella, Didymella, Dothistroma, Drechslera, Elsinoe, Fusicladium, Guignardia, Lecanosticta, Leptosphaeria, Microcyclus, Mycosphaerella, Neofusicoccum, Phaeocryptopus, Pleospora, Pseudocercospora, Pyrenophora, Rhizosphaera, Scirrhia, Septoria, Setosphaeria, Sphaceloma, Stigmina et Venturia

- Sordariomycètes	généralement à périthèces
	Ceratocystis, Claviceps, Colletotrichum, Coryneum, Cryphonectria, Cryptodiaporthe, Diaporthe, Discula, Epichloë, Eutypa, Eutypella, Fusarium, Gaeumannomyces, Gibberella,  Glomerella, Gnomonia, Hypoxylon, Leucostoma, Magnaporthe, Melanconium, Monosporascus, Nectria, Ophiostoma, Phomopsis, Pseudovalsa, Rosellinia, Seiridium, Sirococcus, Thielaviopsis, Valsa et Verticillium

- Pézizomycètes	anc. discomycètes
	Urnula et pour rappel Morchella (morille), Peziza, Tuber (truffe) ainsi que Phymatotrichopsis omnivora champignon très polyphage.

Le champignon du genre Capnodium (Dothideomycetes), responsable de la fumagine, n'est pas parasite des végétaux mais se développe sur les miellats de certains insectes. Le mycélium noir en se développant finit par former une croûte à la surface des feuilles, qui réduit fortement l'intensité lumineuse nécessaire à la photosynthèse. Ce champignon est donc nuisible au développement des cultures.

Cette liste n'est pas exhaustive et la classification de certains champignons est encore incertaine. Ces données se basent essentiellement sur Tolweb.org pour la classification et Agrios (2005) pour répertorier les pathogènes.