Les bactéries antagonistes ou symbiotiques

Si parmi les nombreuses espèces de bactéries, environ une centaine d'espèces sont considérées comme pathogènes pour les cultures, d'autres espèces sont considérées comme bénéfiques soit pour leur activité fongicide, nématicide ou insecticide ou encore pour leur activité symbiotique stimulant la croissance des plantes ou leur activité antagoniste, particulièrement dans les sols, et sont généralement considérées comme des biopesticides.

Nous citerons comme exemples utilisés couramment en agriculture Bacillus thuringiensis ou BT produisant des endotoxines utilisées contre les chenilles de lépidoptères ravageurs des cultures, Bacillus subtilis souche QST 713 utilisée comme fongicide contre le mildiou, Botrytis cinerea ou la tavelure ou contre des maladies bactériennes comme le feu bactérien. Bacillus pumilus souche QST 2808 est efficace contre la sclérotiniose du colza. Streptomyces souche K61 (anc. S. griseoviridis) est un fongicide utilisé en usage préventif pour lutter contre les pathogènes du sol et du collet comme Rhizoctonia, les pythiacées, ou des Fusarium pathogènes comme F. oxysporum f. sp. lycopersici.

Pour rappel on citera Xenorhabdus nematophila et Photorhabdus luminescens (gamma-proteobacteria) bactéries symbiotiques de nématodes entomophages.

Les Rhizobia forment un groupe de bactéries fixatrices de l'azote atmosphérique comprenant des alpha et beta-proteobacteria. Dans le premier groupe, on trouve les genres Rhizobium, Bradyrhizobium, Azorhizobium qui sont des bactéries fixatrices associées aux racines des légumineuses ou Fabaceae de même que les espèces du genre Burkholderia (beta-proteobacteria) qui sont associées aux racines de légumineuses de plantes tropicales. Le genre Frankia (Actinobacteria) est associé aux racines d'arbres ou arbustes. Ces espèces provoquent la formation de nodules sur les racines des plantes colonisées (figure 1). Le genre Azospirillum (alpha-proteobacteria) ne provoque pas la formation de nodules mais est rencontré dans l'environnement racinaire des céréales. Lorsque la présence de ces bactéries symbiotiques manque naturellement dans le sol, celles-ci doivent être inoculées pour permettre une bonne croissance de la culture.