La majorité des maladies parasitaires et non parasitaires affectant les racines de la tomate provoquent, dans un premier temps, leur jaunissement diffus, puis leur brunissement (localisé ou généralisé), et enfin la nécrose et la disparition de nombreuses radicelles et racines. Dans les cas les plus graves, le système racinaire est totalement détérioré et les vaisseaux situés au niveau du pivot peuvent jaunir et brunir légèrement (figure 4). Les altérations évoluent parfois vers le collet et la base de la tige, occasionnant des chancres plus ou moins conséquents (voir la partie Altérations diverses du collet et de la portion de tige proche du sol). Ces symptômes peuvent être observés aussi bien sur les plantules en pépinière que sur les plantes adultes en cours de culture. Dans le premier cas, ils seront à l'origine de fontes de semis.

Un certain nombre de bioagresseurs des racines induisent, en plus des symptômes précédemment décrits, d'autres altérations relativement caractéristiques ou forment des structures (des signes) qui rendent leur identification plus aisée. Dans de nombreux cas, des examens de laboratoire seront indispensables pour définir leur nature exacte.