LesPythium sont surtout connus pour s'attaquer précocement à la tomate dans les pépinières ou à la suite de semis en plein champ, affectant les semences ou les jeunes plantules avant ou après la germination (fontes des semis,  damping-off). Ils sévissent parfois sur plantes adultes dans des conditions particulières de culture en sol, chaudes et très humides, rencontrées en zones tropicales. Le développement des cultures hors sol sur substrats et NFT a permis à ces chromistes de s'installer dans ces systèmes de production et de provoquer des altérations racinaires (Pythium root rot) parfois spectaculaires tout au long du cycle de production de cette plante.

Leurs symptômes sont surtout observés sur les organes présents dans le sol ou le substrat (racines, collet), mais ils peuvent aussi se développer sur le feuillage ou les fruits de la tomate.

Dans les pépinières, les Pythium sont capables d'inhiber la germination des graines ou de perturber le développement des jeunes plantules après avoir colonisé rapidement les racines et/ou les collets (figures 1et 2). Les tissus affectés, souvent succulents, tendres et donc très sensibles, sont humides et prennent rapidement une teinte brune, pourrissent et meurent. Certaines racines, mais surtout la portion de tige située à la surface du sol ou du substrat, peuvent présenter un étranglement (figure 2). Par la suite, il est assez courant d'observer des foyers de plantules qui flétrissent, jaunissent, se dessèchent et/ou s'effondrent et disparaissent plus ou moins (figures 3).

Notons que des attaques aériennes sur plantules sont possibles lors de conditions climatiques particulièrement humides et pluvieuses. Ainsi, des lésions humides et brunes peuvent apparaître sur les feuilles, les pétioles et la tige et conduire à leur mort. De tels symptômes ont été signalés notamment en Floride et associés à P. myriotylum.

Les effets des Pythium spp. peuvent perdurer au delà de la pépinière, sur des plantes en phase de développement après plantation et adultes. Il convient de dissocier les symptômes résultant de l'effet direct des Pythium spp. sur la tomate de ceux liés à leurs conséquences sur le bon fonctionnement des plantes. Les premiers concernent surtout les racines et le collet. Dans de nombreuses situations, des jaunissements, des brunissements racinaires plus ou moins marqués et généralisés, la disparition de nombreuses radicelles sont observés. (figures 4 et 5) Des lésions humides et sombres peuvent se développer au niveau du collet et s'étendre sur quelques centimètres *(P. aphanidermatum, P. myriotylum…).

Ces symptômes peuvent avoir diverses conséquences : l'apparition de symptômes de nécrose apicale sur les fruits, une réduction de la croissance des plantes et parfois des rendements, des flétrissements plus ou moins rapides et réversibles, des dessèchements, la mort des plantes. Ils sont surtout constatés dans les cultures hors sol, parfois en sol mais dans des zones de production tropicales .

Notons qu'une synergie de dégâts a pu être constatée entre P. aphanidermatum et le nématode à galles Meloidogyne incognita.

Les fruits verts et murs surtout, en contact ou à proximité du sol, peuvent être affectés par certaines espèces de Pythium spp. Celles-ci provoquent des lésions humides qui évoluent rapidement en une pourriture qui est à l'origine de la liquéfaction et de l'effondrement des fruits. Un mycélium cotonneux blanc est parfois visible sur les lésions .

Seule l'observation d'oospores (parfois d'autres structures comme les sporanges ou des chlamydospores) sur et dans les tissus affectés ou la réalisation d'isolements sur milieux artificiels, permettent de diagnostiquer avec certitude l'intervention de ces champignons (figures 6 et 7).

Pour des informations complémentaires sur ces Oomycètes, vous pouvez consulter la fiche Oomycètes divers.