Ressources de diagnostic

Il impératif d'utiliser divers ressources pour réaliser un diagnostic sur le terrain, :

• des ouvrages spécialisés ;
• des systèmes experts et des CD portfolio (plutôt rares et maintenant obsolètes) ;
• le moteur de recherche de Google ; 
• des sites web spécialisés ;
• des applications nomades utilisables sur smartphones et tablettes ;
• des kits de diagnostic. Ces derniers outils commencent à être employés, mais nécessitent de la part de l'utilisateur un minimum de connaissances en phytopathologie pour une interprétation ou une utilisation optimale.

Ces ressources doivent être mobilisables à tout moment au cours du diagnostic, par exemples pour consulter la liste des maladies de la culture (ou des images et des fiches), inventorier des critères de diagnostic pertinents ou complémentaires, ceci afin de confirmer ou d'écarter une à plusieurs hypothèses, voire pour conclure. Avec l'expérience, ces différents outils seront mobilisés plus rapidement et de façon pertinente.

Il sera aussi possible de mettre à profit l'expertise d'autres diagnosticiens, spécialistes, techniciens agricoles, d'autant plus facilement qu'un réseau d'experts aura été organisé.

Malgré ces diverses ressources, il n'est pas toujours possible de déterminer directement au champ la cause d'une maladie. Dans ce cas, pour éviter des risques d'erreurs, des investigations complémentaires sont nécessaires pour aboutir à une identification fiable. Elles sont essentiellement réalisées dans un laboratoire* que nous qualifierons d'agronomique ou généraliste, où sont mises en oeuvre des méthodes et des outils assez différents en fonction du ou des bioagresseurs recherchés. Il conviendra donc d'expédier des échantillons représentatifs de la problématique observée sur le terrain accompagés d'une fiche de renseignements. 

* Les examens traditionnels de la pathologie végétale sont encore largement usités dans un premier temps. Ils donnent lieu à des observations microscopiques (loupe, microscopes photonique et électronique) (précédées ou non de mise en chambre humides des échantillons), des isolements microbiologiques sur milieux sélectifs ou non, des indexages biologiques de gammes de plantes hôtes. Ces méthodes assez classiques sont maintenant bien complétées ou suppléées par des méthodes plus modernes. Parmi elles, les méthodes sérologiques, basées sur la détection de protéines immunogènes, se sont largement développées au cours des dernières décennies (immunodiffusion, immunofluorescence, mais surtout la méthode ELISA et ses variantes). Elles sont employées, en particulier, pour identifier les phytovirus, les phytoplasmes, certaines bactéries, à un moindre degré les champignons et parfois même les pesticides. L'utilisation des méthodes moléculaires, reposant sur la détection de séquences d'acides nucléiques, a explosé au cours des dernières années, ceci pour tous les types de bioagresseurs. Ces méthodes (RFLP, RAPD, PCR) sont maintenant assez nombreuses et sont largement employées dans les laboratoires de diagnostic ou de détection. Elles ont donné lieu à la mise au point de kits de diagnostic de terrain, surtout pour les grandes cultures, comme outils d'aide à la décision pour les traitements fongicides.